قامت سلطة منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة بتبني عدد من السياسات المتصلة مع رقابة الإدارة وحماية البيئة الطبيعية. تتطلب السياسة البيئية الحفظ والحماية والتنمية المستدامة للمصادر الطبيعية للمنطقة.

كما تتطلب سياسة حماية المياه وإدارة موارد المياه الجوفية لتخفيض التجريد السنوي من مختلف طبقات المياه الجوفية المتجددة الى معدل مستدام، بالإضافة إلى تطوير إدارة المياه العادمة وإعادة استخدامها.  

تحسين حفظ الموارد المائية بواسطة إدارة كل من العرض والطلب وكفاءة الاستخدام من خلال الاستقصاد في استخدام تقنيات المياه المحسنة والممارسات الإدارية، وتحسين الممارسات الحالية عبر برامج التوعية العامة.   

تعمل سياسة حفظ الطاقة على توفير الطاقة الملائمة للمستهلكين بأقل تكلفة ممكنة، وذلك أثناء محاولة تحقيق تنمية مستدامة لقطاع الطاقة وتلبية احتياجات التنمية الاجتماعية الاقتصادية في المنطقة.     

قامت سلطة منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة بتبني سياسات تصريف صارمة “للتخلص من طرح النفايات" في البحر من أجل الحفاظ على البيئة البحرية عن طريق التخلص التام من الملوثات البحرية. اذ يعتبر خليج العقبة "منطقة مميزة" وفقا للاتفاقية الدولية لمنع التلوث الناجم عن السفن ( اتفاقية MARPOL 73/78 ) مما يدل على أن عمليات تصريف البترول محظورة من السفن.